Наряду с университетской реформой правительство осуществляет ряд мер по расширению университетского образования. В 1863 г. был открыт университет в Одессе (Новороссийский), а в 1888 г. - в Томске, городе, ставшим важнейшим культурным центром Сибири. Открытием Томского университета было положено начало высшему образованию в Сибири. В 60-е же годы проводится реорганизация некоторых технических учебных заведений в собственно высшие: Петербургский технологический институт (1862), Горный институт (1866), Московское высшее техническое училище (1868) и др.
В связи с запросами сельского хозяйства были открыты Петровско-Разумовская сельскохозяйственная академия (1865) и Новоалександровский институт сельского хозяйства и лесоводства (1869).
Сеть высших технический учебных заведений в пореформенный период развивалась значительно быстрее, чем университетов, количество их выросло с семи почти до шестидесяти.